1991年12月，四川省水电厅批复同意对小南海水电站进行可行性研究工作；1997年7月，四川省计委将其批准列入当年度地方电力基本建设投资计划。该工程同年12月开工，因建设资金未落实，1998年停建。

1997年，重庆成为直辖市。2006年8月8日，重庆市政府与三峡集团签订《长江重庆段水电项目合作开发协议》，明确由三峡集团为项目业主。

2012年2月4日，小南海水电站方获得国家发改委同意开展前期工作的批文。然而，当地官方对该项目的推进却既积极又低调，本土媒体鲜有报道，原因在于一直以来它备受环保组织质疑，多次成为全国舆论焦点，在当地被视为敏感话题。

环保组织的质疑，源于小南海水电站正好建在了“长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区”内。这些环保组织认为，电站坝址位于保护区的实验区，回水淹没保护区缓冲区45公里，导致多种珍稀、特有鱼类产卵场和栖息地大量丧失，对长江上游的水生生态系统将造成毁灭性影响。

早在2006年重启小南海项目时，重庆市政府就清楚地认识到，要上马这个项目，必须解决保护区的问题，可行的办法就是调整长江上游珍稀特有鱼类自然保护区的范围。

调整保护区的范围须经过几个步骤：首先，要由重庆方面聘请有关专家出台调整的研究方案；其次，由农业部对方案进行论证。农业部通过方案后，再交由国家级自然保护区评审委员会表决。表决通过后，方案还需提交国务院最后定夺。

重庆市一开始就委托中科院水工程生态所、中科院水生所，悄然论证小南海水电项目的可行性；2008年8月完成《小南海水电站对长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区影响及其减免对策专题研究报告》。

2009年2月和5月，农业部两次组织专家对以上报告进行论证。专家组出具报告称：“长江小南海江段是保护区珍稀特有鱼类重要的栖息地和生态通道，近年来每年有约150亿尾（粒）鱼类的苗（卵）通过该水域。小南海水电站的修建将会改变该区域的鱼类栖息地，淹没部分鱼类产卵场，阻隔鱼类洄游通道，水轮机和溢洪道会造成鱼类特别是卵苗的损伤。”

专家组最后结论为：建议根据有关法规，对在“保护区内建坝”提出相关解决方案。重庆市政府给出解决方案：调整保护区范围，将小南海江段划出保护区。

失守的鱼类庇护所

随后，重庆市制订工作目标：2009年6-11月“推动农业部与重庆市形成共识，共同做好环保部和专家工作”，11月保护区调整报告上报国家自然保护区评审委员会评审。

按照计划表，2009年8月31日，农业部向环保部提出自然保护区的调整申请。

2010年11月，国家级自然保护区评审委员会会议上，30名委员全票通过了重庆市关于保护区的调整申请，标志小南海水电站审批核准的最大障碍被扫除。

调整长江上游鱼类保护区的范围，这不是第一次。长江上游珍稀特有鱼类自然保护区，前身是长江雷波—合川珍稀特有鱼类自然保护区。后者2000年由宜宾市珍稀鱼类保护