该保护区的建立是为了补救因水电工程建设和经济建设等人为因素对自然生态系统造成的影响，及时拯救长江上游濒危鱼类。

然而，2005年，为了给向家坝和溪洛渡水电站让路，该保护区边界被迫作出调整。

调整后的保护区跨越四川、贵州、云南、重庆三省一市，自向家坝下横江口开始，下游延伸至重庆马桑溪，增加赤水河干流和部分支流、岷江下游和越溪河支流，以及南广河、长宁河、沱江和永宁河河口区河段。

这一次调整后，当时的国家环保总局也曾明确表态：“在规划修编与建设中应明确调整后的保护区内不得再进行水利水电开发活动”、“保护区已经退无可退”。

然而，2011年1月，环保部公示长江上游鱼类保护区的第二次调规，该保护区再次收缩—保护区下游终点必须往上收缩22.5公里，将小南海江段彻底划出保护区，小南海之上的73.3公里江段保护级别将由缓冲区降为实验区。2011年底，国务院以国办函（2011）156号文正式批准以上调整方案。

该调整方案使鱼类保护区长江干流江段的损失长度至少达95.8公里，占保护区长江干流段353.16公里长度的27%。这让外界质疑“保护区名存实亡”。

南京环境科学研究所发表报告称，小南海和其他梯级电站开发的累积效应将会严重改变河流生态系统的水域环境，阻断珍稀特有鱼类迁徙繁衍的生态通道，从而对栖息在该河段生物种类造成毁灭性影响。

著名鱼类学家、中科院院士曹文宣对鱼类保护区的失守感慨万千：随着上个世纪70年代长江第一坝、葛洲坝的开工，长江上游特有鱼类的生存空间就开始不断受到挤压，90年代开工的三峡工程又进一步恶化了鱼类的生存环境。

长江上游有鱼类230多种，其中仅栖息于长江上游，在世界其他地区从未发现的鱼类就有近100种。上世纪70年代以前，白鲟、达氏鲟、胭脂鱼等珍稀特有鱼类数量很多，甚至是四川江段的主要经济鱼类，在渔获物中占有较大比例。

而大规模的水坝建设，已使这些鱼类无法回溯到上游产卵，濒临灭绝：中华鲟产卵场分散在长江上游600公里长的攀枝花—宜宾—重庆江段，自从上世纪80年代葛洲坝合龙之后，中华鲟就开始在上游绝迹；白鲟2003年之后已无捕获记录；达氏鲟和胭脂鱼的种群极小。

环保人士“最后的抗争”

规划中的小南海水电站与长江上游的珍稀特有鱼类保护区，无疑是一对强烈的冲突，很快就构成生态保护与地方发展冲动的一次对峙事件。

实际上，国内环保组织从未停止对小南海水电站带来的生态影响的关注和拷问，掀起了一场关乎长江生态的“最后的抗争”。

2009年5月，即将调整“鱼类保护区”的消息震动了国内环保圈。北大保护生物学教授吕植等环保学者联合发出紧急公开信，呼吁禁止水电过度开发，保护长江珍稀鱼类。

这些专家认为，20年来，长江上游的珍稀特有鱼类的栖息地被迫从葛洲坝退到三峡，从三峡退到溪洛渡，从溪洛渡